Sus climas característicos son: cálido-seco, al norte de San José del Cabo; y templado-seco en la parte más alta de la sierra de La Laguna y San Lázaro. El mes de enero es considerado como el más frío del año y la temperatura media anual es de 24°C;

Su principal régimen de lluvias es durante el verano, siendo el mes de septiembre el de mayor índice de precipitación pluvial.