El municipio de Los Cabos está situado en el extremo sur de la península de Baja California, limitando al norte con el municipio de La Paz; al sur y al este con el golfo de California y al oeste con el océano Pacifico.

Tiene una longitud de 33 kilómetros, 3,451.51 kilómetros cuadrados de superficie, que representa el 4.68 % de la superficie total del estado.

Por su parte la cabecera municipal se ubica dentro de los 23° 03' latitud norte y los 109° 42' longitud oeste del Meridiano de Greenwich, a una altura de 40 msnm.
El municipio presenta tres formas diferentes de relieve que son: zonas accidentadas planas, las zonas semiplanas y las zonas planas. Las primeras se pueden localizar en la sierra de la Laguna y San Lázaro, y están formadas por rocas intrusivas del Mesozoico, granito y batolitos graníticos, y abarcan el 15 % de la superficie total.

Las zonas semiplanas localizadas entre la costa y la sierra, están constituidas por rocas sedimentarias del Cretásico Superior, y abarcan el 60 % de la superficie total.
Por último, localizamos las zonas planas en las costas, las cuales están formadas por terrazas marinas, gravas, arenas y limos, depósitos de aluvión, médanos y salitrales del Pleistoceno, abarcando cerca del 25 % de la superficie total del municipio.

Sus recursos hidrológicos son escasos, consisten básicamente, en un arroyo de caudal permanente, nombrado San José, el cual sigue una trayectoria de norte a sur, trasladando abundante agua durante la época de lluvias ciclónicas, y arroyos de caudal de lluvia, que solamente corren solamente durante la época de precipitaciones, a saber: el de Santiago, Miraflores, Caduaño y Las Palmas.

Esta escasez de agua, es una de las limitantes para el desarrollo de las actividades productivas en el municipio de Los Cabos.